Γεννήθηκε στις 23 Δεκεμβρίου του 1928, στην Καρωτή, ένα χωριό κοντά στο Διδυμότειχο. Γιος του ιερέα Χρήστου και της Χρυσάνθης Αηδονίδη, είναι ο δεύτερος από τα πέντε αδέλφια του. Στο χωριό του, στην Καρωτή, πέρασε τα παιδικά και εφηβικά του χρόνια κι εκεί έμαθε τα πρώτα του τραγούδια και μυήθηκε στον κόσμο της παραδοσιακής μουσικής, πρώτα από τη μητέρα του, που γνώριζε τα περισσότερα τραγούδια της Θράκης κι έπειτα απ’ τους πλανόδιους μουσικούς.
Μαθητής ακόμα, διδάχθηκε βυζαντινή μουσική από τον πατέρα του και μετά από τον δάσκαλο Μιχάλη Κεφαλοκόπτη και ολοκλήρωσε αργότερα τις σπουδές του στη βυζαντινή μουσική, στην Αθήνα, στο Ελληνικό Ωδείο, κοντά στον Θεόδωρο Χατζηθεοδώρου.
Αργότερα διορίστηκε ως κοινοτικός δάσκαλος στα Πετρωτά Ροδόπης προς τις ακτές του Αιγαίου. Το 1950 βρέθηκε στην Αθήνα και εργάστηκε στο Σισμανόγλειο Νοσοκομείο ως λογιστής.
Το 1953 γνώρισε τον λαογράφο Πολύδωρο Παπαχριστοδούλου, ο οποίος του πρότεινε να συμμετέχει στην εκπομπή του «Θρακικοί Αντίλαλοι», στο κρατικό ραδιόφωνο. Διστακτικός στην αρχή ο Χρόνης Αηδονίδης εντέλει αποφάσισε να λάβει μέρος στην προσπάθεια διάσωσης της ελληνικής μουσικής παράδοσης.
Από τότε και με τη βοήθεια του Πολύδωρου Παπαχριστοδούλου, άρχισε να παίρνει μέρος στις εκπομπές του, συμμετέχοντας πολύ σύντομα ως μονωδός στη Χορωδία του Παντελή Καββακόπουλου. Αργότερα συμμετείχε και στη χορωδία του Σίμωνα Καρά, ενώ από το 1957 ανέλαβε τακτική εβδομαδιαία εκπομπή στο ραδιόφωνο, προβάλλοντας το μουσικό θησαυρό της πατρίδας του, της Θράκης. Ήταν η πρώτη φορά που τα Θρακιώτικα τραγούδια ακούγονταν σε όλες τις περιοχές της Ελλάδας.
Το θρακιώτικο τραγούδι με την αριστοτεχνική και μελίρρυτη φωνή του, αγαπήθηκε από κάθε γωνιά της Ελλάδας. Αλλά έχει ταξιδέψει μαζί του στην Αμερική, στην Αυστραλία, σε πολλά κρατίδια της πρώην Σοβιετικής Ένωσης και στην Ευρώπη. Γι’ αυτό άλλωστε επιλέχθηκε να εκπροσωπήσει την πατρίδα μας στις δύο μεγαλύτερες διοργανώσεις των τελευταίων χρόνων: στο διακρατικό παγκόσμιο τηλεοπτικό εορταστικό πρόγραμμα υποδοχής της νέας χιλιετίας, το 2000, όπου η Ελλάδα καλωσόρισε τη νέα χιλιετία με τη φωνή του, στο Σούνιο και το 2004, όταν πραγματοποίησε την έναρξη της Τελετής Λήξης των Ολυμπιακών αγώνων της Αθήνας, με το συγκινητικό καθιστικό τραγούδι: «Φίλοι μ’ καλωσορίσατε», απλώνοντας την ιερή μουσική της Θράκης σε κάθε γωνιά του κόσμου.
Κορυφαία τιμητική διάκριση ήταν η απονομή του Οφφικίου του «Άρχοντος Υμνωδού της Αγίας Του Χριστού Μεγάλης Εκκλησίας» από τον Οικουμενικό Πατριάρχη κ. Βαρθολομαίο στις 29-11-2010, μετά από κοινή πρόταση των Μητροπολιτών Διδυμοτείχου κ. Δαμασκηνού και Αλεξανδρουπόλεως κ. Ανθίμου.
Σημαντικό μέρος από το προσωπικό, οικογενειακό και καλλιτεχνικό αρχείο του Χρόνη Αηδονίδη διαφυλάσσεται σήμερα στα γραφεία του Αρχείου Μουσικολαογραφικής Παράδοσης «Χρόνης Αηδονίδης» και είναι προσβάσιμο σε οποιονδήποτε επιθυμεί να μελετήσει τη ζωή και το έργο του, καθώς επίσης και ένα μέρος από τις τιμητικές διακρίσεις και τη δισκογραφία του έχει δωρηθεί στις Ιερές Μητροπόλεις Αλεξανδρουπόλεως και Διδυμοτείχου. Το μεγαλύτερο μέρος αυτού του αρχείου, και μέχρι το 2002 τουλάχιστον που δραστηριοποιήθηκε ο σύλλογος του Χρόνη Αηδονίδη, το συνέλεξε και το διέσωσε η σύζυγός του Φωτεινή.
Συλλυπητήριο μήνυμα της Υπουργού Πολιτισμού
Πληροφορούμενη τον θάνατο του Χρόνη Αηδονίδη η Υπουργός Πολιτισμού Λίνα Μενδώνη, έκανε την ακόλουθη δήλωση:
Μόλις πληροφορήθηκα, με οδύνη, την εκδημία του σπουδαίου Χρόνη Αηδονίδη, του ανθρώπου που επί 75 χρόνια εργάστηκε με πάθος για τη διδασκαλία, τη διάσωση, τη διάδοση και την καταγραφή της μουσικής παράδοσης της Θράκης. Μεγάλωσε με τους ήχους της βυζαντινής μουσικής και πολύ νωρίς συνέδεσε τη βυζαντινή μελωδία με την παραδοσιακή θρακιώτικη μουσική και τα τραγούδια της. Καταδύθηκε βαθιά στην άυλη κληρονομιά της ιδιαίτερης πατρίδας του, διασώζοντάς την και διαδίδοντάς την ευρύτερα, με σχετικά δρώμενα, πλούσιες ηχογραφήσεις, και συστηματικές καταγραφές. Μια κληρονομιά την οποία εμπλούτισε με δικές του συνθέσεις και τραγούδια που ο ίδιος ονόμαζε «παραδοσιακά, επειδή ανήκουν «στον ελληνικό λαό».
Τα λόγια μου είναι λίγα για να περιγράψω την προσφορά του Χρόνη στον Πολιτισμό μας του σπουδαίου αυτού και ιδιαίτερα σεμνού καλλιτέχνη, που αφιέρωσε τη ζωή του στο δημιουργικό πάθος του. Του χρωστάμε πολλά. Η συνεργασία μου με τον Χρόνη Αηδονίδη αποτελεί για μένα πολύτιμη παρακαταθήκη. Θα ήταν ευτυχία για τη χώρα οι πολλοί και άξιοι μαθητές του να μείνουν προσηλωμένοι στο παράδειγμά του και στη διάδοση του μοναδικού έργου του.
Δήλωση της Κ. Μάλαμα, Τομεάρχη Πολιτισμού της Κ.Ο. του ΣΥΡΙΖΑ – Προοδευτική Συμμαχία
Η απώλεια του Χρόνη Αηδονίδη κάνει την ελληνική μουσική φτωχότερη.
Θα θέλαμε να εκφράσουμε τα συλλυπητήρια μας στους οικείους του μεγάλου μουσικού της θρακιώτικης και παραδοσιακής μουσικής Χρόνη Αηδονίδη. Η ελληνική μουσική από σήμερα είναι φτωχότερη, όμως το πολιτιστικό έργο του Χρόνη Αηδονίδη θα συνεχίζει αποτελεί διαχρονική παρακαταθήκη για το σύνολο του ελληνικού πολιτισμού. Η Ελλάδα, η Θράκη κι ο χώρος της ελληνικής μουσικής αποχαιρετούν σήμερα έναν μεγάλο ερμηνευτή.
