Έπειτα από 58 χρόνια, όταν και άνοιξε τις πύλες του το 1962, έκλεισε για το κοινό το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων που φιλοξενείται στο Ενετικό κτήριο του Αγίου Φραγκίσκου στην είσοδο του παλιού λιμανιού της πόλης.
Το Μουσείο είναι άρρηκτα συνδεδεμένο με την ιστορία και τον πολιτισμό της πόλης.
Η ίδρυση του αποφασίστηκε το 1899 επί Κρητικής Πολιτείας και από τις 14 Ιουλίου του 1962 άνοιξε επίσημα τις πύλες του για το κοινό στο καθολικό της ενετικής Μονής του Αγίου Φραγκίσκου. Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων κλείνει, προκειμένου να αρχίσει η διαδικασία μεταφοράς των εκθεμάτων του στο νέο Αρχαιολογικό Μουσείο της πόλης στη συνοικία της Χαλέπας.
Όπως αναφέρει σε ενημερωτικό της σημείωμα η προϊσταμένη της Εφορίας Αρχαιοτήτων Χανίων, Ελένη Παπαδοπούλου, «οι αρχαιότητες θα «συναντήσουν», το 2021, τους παλαιότερους και νεότερους επισκέπτες τους σε μια νέα, εξίσου φιλόξενη στέγη, στους χώρους του νέου Αρχαιολογικού Μουσείου Χανίων στη Χαλέπα, η οργάνωση των οποίων αξιοποιεί με μεγάλη επάρκεια τις επιστημονικές και τεχνολογικές κατακτήσεις του 21ου αιώνα.
Οι πλούσιες συλλογές του νέου Μουσείου Χανίων, διαρθρωμένες σύμφωνα με το πνεύμα και τις απαιτήσεις των σύγχρονων μουσειακών πρακτικών, θα εξακολουθήσουν να διοχετεύουν μέσα στις νέες συνθήκες της πολυδιάστατα εξελισσόμενης ελληνικής και διεθνούς κοινότητας, το ισχυρό πολιτισμικό διαχρονικό τους παράδειγμα και μήνυμα».
Το νέο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων βρίσκεται σε κοντινή απόσταση από την οικία – Μουσείο του Ελευθερίου Βενιζέλου, το κτήριο που φιλοξενεί το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών Μελετών «Ελευθέριος Βενιζέλος», τον Ναό της Αγίας Μαγδαληνής και την περιοχή Ταμπακαριά.
Με τη λειτουργία του οι τοπικές Αρχές φιλοδοξούν να δημιουργήσουν μια ακόμα πολιτιστική διαδρομή στην πόλη.