Όπως και πολλά είδη φυτών έτσι και τα καφεόδεντρα αντιμετωπίζουν σοβαρά προβλήματα με τις κλιματικές αλλαγές. Τα τελευταία χρόνια τα φώτα της δημοσιότητας έχουν πέσει πάνω στα προβλήματα που αντιμετωπίζουν τα φυτά από όπου προέρχεται το αγαπημένο ρόφημα δισεκατομμυρίων ανθρώπων από τις κλιματικές αλλαγές και τις προσπάθειες αντιμετώπισης αυτών των προβλημάτων.
Όμως ο μεγαλύτερος εχθρός των καφεόδεντρων ήταν και εξακολουθεί να είναι η περιβόητη «Σκουριά του Καφέ». Πρόκειται για τον Hemileia vastarix ένα εξαιρετικά επικίνδυνο και ιδιαίτερα μεταδοτικό μύκητα που δεν είναι τίποτε άλλο από ένα παράσιτο που χρησιμοποιεί τα καφεόδεντρα για να επιβιώσει και να αναπαραχθεί αλλά παράλληλα τα καταστρέφει.
Τα φύλλα των φυτών του καφέ εμφανίζουν κηλίδες που θυμίζουν οξειδωμένο σίδερο για αυτό και ονομάστηκε σκουριά. Το φυτό που έχει προσβληθεί από τον μύκητα ξεραίνεται και καταστρέφεται με τον μύκητα να αναζητά στην συνέχεια νέα δέντρα καφέ για να συνεχίσει την δράση του. Ο μύκητας έχει μάλιστα ιδιαίτερη προτίμηση στα καφεόδεντρα της δημοφιλέστερης ποικιλίας καφέ στον κόσμο, της Arabica.
Οι καφεοπαραγωγοί προσπαθούν να αντιμετωπίσουν τον μύκητα με διασταυρώσεις σε μια προσπάθεια να δημιουργηθούν με φυτά του καφέ που είναι πιο ανθεκτικά στις επιπτώσεις της παρουσίας του μύκητα και ταυτόχρονα εμποδίζουν την εξάπλωση του. H Κολομβία είναι μια από τις χώρες με τις μεγαλύτερες καλλιέργειες καφέ και αυτή με την μεγαλύτερη παραγωγή υγρού Arabica στον κόσμο.
Η ομοσπονδία καφέ της Κολομβίας ανακοίνωσε ότι εντόπισε εννέα νέες μεταλλάξεις του καταστροφικού μύκητα. Τα στελέχη της ομοσπονδίας καλούν τους παραγωγούς καφέ σε όλο τον κόσμο να σπεύσουν να δημιουργήσουν γρήγορα νέα ανθεκτικά φυτά ή αν καλλιεργούν μη ανθεκτικές ποικιλίες να τις αλλάξουν με κάποιες που έχουν αποδειχτεί ανθεκτικές.
