Προβληματισμό και αντιδράσεις έχουν προκαλέσει συγκεκριμένες διατάξεις του νέου Ποινικού Κώδικα, σχετικά με τη μετατροπή κακουργημάτων (κατασκευή και κατοχή μολότοφ) σε πλημμελήματα, την αλλαγή του πλαισίου της ποινής για το αδίκημα της διεύθυνσης εγκληματικής οργάνωσης και την οριοθέτηση της έννοιας του βιασμού. Σύμφωνα, πάντως, με όσα ανέφεραν πηγές του υπουργείου Δικαιοσύνης, έπειτα και από τα σχετικά δημοσιεύματα, οι προτεινόμενες αυτές διατάξεις βρίσκονται σε φάση επανεξέτασης και πιθανώς ανασύνταξης.
Συγκεκριμένα, σύμφωνα με τις πηγές του υπουργείου, οι δύο νέοι κώδικες (Ποινικός Κώδικας και Κώδικας Ποινικής Δικονομίας) «συνιστούν πορίσματα των ειδικών Νομοπαρασκευαστικών Επιτροπών και βρίσκονται στο στάδιο της δημόσιας διαβούλευσης». Και προστίθεται ότι «ειδικότερα θέματα, όπως η περαιτέρω ενίσχυση των αντιρατσιστικών προβλέψεων, οι προτεινόμενες διατάξεις για τη διεύθυνση της εγκληματικής οργάνωσης, η μετατροπή ορισμένων αδικημάτων σε πλημμέλημα, καθώς και η οριοθέτηση της έννοιας του βιασμού έχουν καταγραφεί από το υπουργείο και έχουν ήδη τεθεί υπόψη των Νομοπαρασκευαστικών Επιτροπών».
Ειδικότερα, σύμφωνα με τις επίμαχες διατάξεις, όσον αφορά «τη διεύθυνση της εγκληματικής οργάνωσης» αλλάζει το πλαίσιο ποινής από τα 10-20 χρόνια στα 5-10 χρόνια. Υπήρξε μάλιστα και αντίδραση (από τη νεολαία του ΣΥΡΙΖΑ), σύμφωνα με την οποία ο Ποινικός Κώδικας ανοίγει παράθυρα ευνοϊκότερης μεταχείρισης για τα ηγετικά στελέχη της Χρυσής Αυγής (η ηγεσία της οποίας δικάζεται γι’ αυτό το αδίκημα). Επίσης, προβλέπεται η μετατροπή ορισμένων αδικημάτων σε πλημμέλημα (π.χ. κατοχή εκρηκτικών που αφορά και την κατασκευή και κατοχή μολότοφ). Ακόμα, οι σχετικές αλλαγές αφορούν την οριοθέτηση της έννοιας του βιασμού, για τον οποίο γυναικείες οργανώσεις, αλλά και νομικοί, έχουν αναφέρει ότι συρρικνώνεται εξαιρετικά η οριοθέτηση για τη δίωξή του από την «απειλή σπουδαίου και άμεσου κινδύνου» σε «απειλή κατά της ζωής ή της σωματικής ακεραιότητας».
Για «σκανδαλώδεις διατάξεις», που πρέπει «να ανακαλέσει αμέσως» και που «ευνοούν ευθέως τη Χρυσή Αυγή, αλλά και τους ταραξίες και κουκουλοφόρους που καταστρέφουν καθημερινά ανενόχλητοι δημόσια και ιδιωτική περιουσία» κάνει λόγο, μεταξύ άλλων, η Ν.Δ. Απαντώντας ο υπουργός Δικαιοσύνης Μιχάλης Καλογήρου αναφέρει, μεταξύ άλλων, ότι «η Ν.Δ. προφανώς αγνοεί ή προσποιείται ότι αγνοεί τη διαδικασία που τηρείται κατά την επεξεργασία των κωδίκων», ενώ κάνει λόγο για «δημιουργία εντυπώσεων σχετικά με τα θέματα λειτουργίας και απονομής Δικαιοσύνης που αποτελεί, δυστυχώς, πάγια τακτική και θεσμικό ατόπημα της Ν.Δ.».
